Вертикальная (магистральная) подсистема СКС является промежуточной системой, соединяющей горизонтальные подсистемы с СКС более глобальных уровней.
Она соединяет между собой кроссы всех этажей здания со своим телекоммуникационным оборудованием. Для этого на первом этаже или в подвале здания должна быть выделена специальная комната.
В этой комнате должен стоять кросс, который соединяет кроссы этажей и кабель магистрали комплекса зданий (Если речь идет о СКС комплекса зданий). Если есть только одно здание, то вышеупомянутый кросс соединяется с кабелем выхода в интернет.